Kira Yamato:
Un joven coordinador que se encontraba en el satélite de Heliopolis mientras era atacado por Z.A.F.T. cuyo objetivo era robar los cinco Gundams ocultos ahí. En una racha de mala suerte el se convirtió en el piloto del Gundam que quedaba: el GAT-X 105 Strike Gundam. Aparte el es el único coordinador en una nave de naturales. Lo cual hace que la gente sospeche de él y odiado por aquellos que lo decidieron usar como una marioneta para sus propios fines (tal es el caso de Frey Allstar) y lo peor es que su oponente es su mejor amigo, ni más ni menos que Athrun Zala.
Tras el trágico enfrentamiento con Athrun y su periodo de descanso al ciudado de Lacus, Kira decide volver al campo de batalla pero esta vez como agente libre a los mandos del poderoso ZGMF X10A Freedom con el único objetivo de detener la guerra y proteger a sus amigos, no vencer a ninguno de los dos bandos. Más tarde se le mostrarán dolorosas revelaciones acerca de su propio origen, su familia y su verdadera naturaleza.
Grupo de afiliación: Neutral (aunque siempre viajó en la nave de la Federación Terrestre Archangel y por luchó por ellos ya que sus amigos estaban a bordo)
Athrun Zala:
Piloto del robado GAT-X303 Aegis. Kira y él fueron grandes amigos, pero que éste se halle en el bando de los naturales causará graves divisiones entre ellos, y más dado que su madre, Lenore Zala murió en el Bloody Valentine y que su padre, Patrick Zala, es el líder principal del consejo de ZAFT. La situación empeora cuando Lacus Clyne, su prometida, admite que le gusta Kira, y más todavía cuando ve a Kira acabar con las vidas de camaradas de ZAFT, incluyendo a Nicol Amalfi, piloto del Blitz Gundam.
Todo eso llevará Athrun a enfrentarse a muerte contra el piloto del Strike Gundam. Tras su batalla con Kira en el que se le da por muerto, Athrun es considerado un héroe por lo que se le asignará la nueva unidad ZGMF X09A Justice con el objetivo de capturar el recién robado Freedom. La traición de Lacus y el descubrimiento de la identidad del piloto de la unidad robada hará que Athrun se plantee su papel en la guerra, cosa que le llevará a unirse a Kira y enfrentarse a su padre para intentar poner fin a la guerra.
Grupo de afiliación: ZAFT.
Lacus Clyne :
Ella es una cantante y la hija del líder de PLANT Siegel Clyne. Kira la rescata después de que su nave de civiles explota . Se cree que algunas veces tenga una personalidad extraña. Debido a su naturaleza caritativa el ayuda a Kira después de que Flay mentalmente lo destruye aparte de ayudarlo a él a escapar de los superiores de Athrun. Ella se suponía que se casaría con Athrun Zala sin embargo esto se ve truncado debido a que ella siente algo hacia Kira Yamato. Después de que ella recibe las noticias de las heridas de Kira después de la batalla que tuvo con Athrun, lo alivia en su mansión en Plant y le da el arma definitiva: el ZGMF-X10A Freedom Gundam. Se enamora de Kira. (amor mutuo)
Cagalli Yula Athha:
Hija de Uzumi Nara Athha líder de Orb, conocido también como el "El león de Orb". Viajó a Heliopolis para descubrir la verdad acerca de los rumores de la creación de los nuevos Mobile Suits de la Alianza. Allí conocerá por primera vez a Kira con quien se reencontrará más adelante en África, donde formará parte del grupo rebelde Desert Dawn, el cual, formado por nativos intenta expulsar a ZAFT de su tierra. Su interés por Kira le llevará a viajar con el en el Archangel hasta Orb donde se revelará su identidad de princesa de Orb. También conocerá a Athrun Zala tras ser los dos derribados.
Tras un enfrentamiento, Athrun decide dejarla libre y ambos pasarán juntos la noche hasta ser rescatados por sus distintos camaradas. Tras el enfrentamiento entre Kira y Athrun, Cagalli acude en busca de sobrevivientes con un equipo de rescate de Orb. Encontrará a Athrun quien tras comunicarle que ha matado a Kira le confiesa que le conocía y que eran amigos. Tras la caída de Orb y la muerte de su padre, su relación con Kira y Athrun se hará más profunda tras descubrir que tiene un hermano gemelo Cordinador(Kira) del que le separaron al nacer. En las ultima batalla portando el Gundam Strike Rouge Cagalli hace visible que porta también el llamado SEED
Flay Allster:
Flay Allster, la hija de un importante representante de la Alianza Terrestre, estudia en la misma colonia que el resto de los jóvenes personajes de la serie (Kira, Sai, Tolle, etc.) y que por azares del destino acaba también en el Arcángel, luchando al principio por escapar del frente a toda costa y más tarde movida por el odio. Flay se convierta a lo largo de la serie en uno de los personajes más circulares, mostrándonos al principio una ingenua intolerancia y levitando hasta la ira premeditada.Finalmente muere frente a los ojos de Kira, en la batalla final que sostiene este con Rau Le Creuset.
Grupo de afiliación: Alianza Terrestre
Rau le Creuset
Un gran piloto en las fuerzas de Zaft. el es el comandante superior en las batallas contra Archangel y aparte es muy estricto. Usa una máscara tras la cual oculta su verdadero rostro y toma medicamentos para solucionar los problemas internos de su cuerpo. Parece odiar al padre de Athrun que fue el que lo acomodo a cargo de la verdadera Operación Spitbreak. (en dicha operación el secuestra a Flay, activa la secuencia de auto destrucción Alaska mientras escapa mientras Isaac y el resto de sus tropas son llevadas a su perdición) Grupo de afiliación: Z.A.F.T.
