Kenshin Himura
El personaje de Kenshin está basado en un verdadero asesino llamado Kawakami Gensai.
Su verdadero de nombre era Shinta. Sus padres murieron cuando tenía 8 años y después fue vendido como esclavo. Un año más tarde, el pueblo en donde vivía fue atacado y todos murieron, excepto Kenshin. Justo antes de que fuera asesinado, Seijuro Hiko lo salvó. Hiko, admirado por la determinación del pequeño Kenshin, al hacer una tumba para cada persona del pueblo e incluso los asesinos, decidió convertirlo en su discípulo y lo primero que hizo fue cambiarle de nombre; de Shinta, un nombre débil a Kenshin, un nombre que refleja determinación y valentía. Kenshin era un extraordinario aprendiz, asimiló rápidamente todas las técnicas de su maestro, a excepción del Amakakeru Ryu No Hirameki (Destello de dragón volador), ya que, cuando Kenshin tenía 13 años, tuvo una fuerte discusión con su maestro y se marchó. Durante la guerra civil del Japón, combatió por el Ishin Shishi y se convirtió en un extraordinario asesino, cuya fama fue conocida en todo el país. Tiempo después se casó con Tomoe Yukishiro.
Al terminar la revolución, Kenshin lo abandonó todo, decidió vagar para expiar sus "pecados" y así viviría bajo la consigna de ayudar y proteger al débil. Decidió nunca más volver a matar, usando siempre la katana por el lado sin filo. Al onceavo año dejó de vagar y se estableció en el Dojo Kamiya, en donde conoció a la bella descendiente de la familia del dojo, Kaoru Kamiya, de quien, a pesar de que no lo reconoce abiertamente, está enamorado. Junto a ella, ayudaron Yahiko (un niño huérfano) y a Sanosuke. Junto a ellos, Kenshin vivirá grandes aventuras, dramáticos y intensos combates y situaciones de humor.

Kaoru Kamiya
Hermosa niña de 17 años, descendiente del Dojo Kamiya y del estilo Kamiya Kasshin Ryu. Con un carácter muy dulce, un espíritu de sacrificio y de amor muy grande. Está perdidamente enamorada por Kenshin y cada combate que este viva, será un tormento para ella. A través de la serie su relación comienza a ser mucho más fuerte, por las pruebas que les ha impuesto el destino, pero nunca han dado muestras concretas de ese amor. Kaoru es dulce y determinada, pero como es huérfana se aferra a Kenshin con todas sus fuerzas.

Yahiko Myojin
Joven huérfano. Su padre murió peleando por sus ideales y su madre murió poco tiempo después de una enfermedad. Al comienzo era un ladrón, por que la Yakuzza local lo engañó haciéndole creer que debía dinero de las medicinas de su madre. Con la ayuda de Kenshin y Kaoru, se percata del engaño y decide irse. Kaoru le ofreció que se quedara en el dojo y que se volviera alumno del estilo Kamiya Kasshin Ryu. Tiene un carácter muy "liviano", es un sujeto optimista y muy esforzado. Admira profundamente a Kenshin y algún día desea ser como él.

Sanosuke Sagara
Al comienzo estaba en contra de Kenshin y deseaba derrotarlo, por que durante la revolución, Kenshin perteneció al Ishin Shishi, pero esta facción asesinó a un grupo de campesinos, los Sekihoutai, quienes fueron usados como chivos expiatorios por el Ishin Shishi. Dentro de ese grupo estaba Sanosuke, que al ser muy pequeño, fue el único que sobrevivió. Pero Kenshin y Cia. logran hacerle notar de que profesan los mismos ideales y de que Kenshin ha cambiado. Así Sano se pasa al bando de los buenos. Se caracteriza por ser muy descarado e insaciable con la comida (excepto cuando cocina Kaoru).

Megumi Takani
Viene de una familia con larga tradición en la medicina. Después de la muerte de su padre quedó sola. Así comenzó a trabajar para un médico que a sus espaldas fabricaba opio para la mafia. Cuando este murió, el Yakuzza local trató de obligarla para que ella siguiera fabricándolo, por lo que escapa y es ayudada por Kenshin. Al comienzo le atrae Kenshin, pero tiene claro que con Kaoru tiene la pelea perdida. Es una persona muy sarcástica y se pasa mucho tiempo molestando a Kaoru.

Aoshi Shinomori
Líder del clan de Ninjas Oniwabanshu (radicados en Tokio). Es frio e inflexible.Conoció a Kenshin cuando se enfrentó a la mafia que perseguía a Megumi. Es un hombre de honor, pero la muerte de todos sus subordinados-camaradas lo llevó al borde de la locura, incluso se unió a Shishio. Gracias a Kenshin volvió a la normalidad y es considerado un poderosísimo aliado.

Hajime Saito
Se le conoce con el nombre de Goro Fujita y es miembro de la policía secreta el gobierno. Pero es un temible y hábil asesino, ex miembro del Shinsengumi: Durante la guerra civil se enfrentó con Kenshin. Es un personaje frío y su lema es "el fin justifica los medios" y no duda en impartir su visión de la justicia. En general se presenta como un aliado de Kenshin, por tener un enemigo en común, pero la rivalidad entre ellos se ha manifestado varias veces. Es un tipo calculador y muy directo, dice las cosas sin reparos, cualidad odiada especialmente por Sanosuke.

Seijuro Hiko
Maestro de Kenshin. Es totalmente despreocupado y un poco aficionado al Sake (licor muy fuerte de la región). Aún así es un luchador extremadamente poderoso y conoce, obviamente, todas las técnicas de Kenshin. Enseña el Amakakeru Ryu No Hirameki.

Misao Makimachi
Nieta del antiguo jefe del clan ninja Oniwabanshu. Está perdidamente enamorada de Aoshi y al no saber noticias de él, decide ir a buscarlo. Así conoce a Kenshin y compañía. A pesar de que por un tiempo Aoshi fue de los "malos" ella no puede evitar amarlo. Es muy romántica e impulsiva. Niña mimada del clan.