Aún con su nueva armadura, Fenix es derrotado por Pegaso. Los Caballeros de Bronce no entienden el odio del Fenix y éste les cuenta de su entrenamiento en la Isla de la Reina Muerte. La isla era el infierno en la Tierra, la actividad volcánica hacía que todo el suelo estuviera siempre caliente, esto evitaba que creciera cualquier tipo de vegetación. Sin árboles, el sol golpeaba con toda su fuerza el suelo, tanto en el día como en la noche el calor era insoportable.
Cuando Ikki se encontraba entrenando, su Maestro le dice que si quiere ganar la armadura del Fenix, tendrá que vencerlo. Ikki le muestra respeto a su maestro, pero éste le patea diciéndole que no quiere su respeto, sino su odio. Durante días, Ikki entrenó contra su maestro y siempre quedaba muy lastimado. Para su suerte estaba Esmeralda, que era la hija de su maestro y se parecía mucho a su hermano Shun. Esmeralda curaba las heridas de Ikki cuando terminaba de entrenar con su maestro e Ikki estaba muy enamorado de ella. Un día, Esmeralda llevó a Ikki al único lugar en la Isla de la Reina Muerte donde crecían flores. Ante toda la desolación de la isla, ese lugar era como un oasis. Pero el maestro de Ikki los encuentra y le dice a Ikki que no le dará más oportunidades de conseguir la armadura del Fenix. Ikki hace su mejor esfuerzo, pero no logra nada; en un ataque, Ikki esquiva un golpe de su maestro, pero este golpe lo recibe Esmeralda. Ikki corre a su lado, pero ya es muy tarde y Esmeralda muere.
Aunque Esmeralda era su hija, el maestro de Ikki no muestra dolor por su muerte. Ikki se enfurece y ataca a su maestro, quien no puede defenderse, pero se alegra de haber despertado el odio de Ikki. Ikki atraviesa a su maestro y de esta forma gana su armadura de Fenix. En ese momento hay un terremoto en el Valle de la Muerte y unos soldados se roban las piezas de la armadura dorada. Los Caballeros de Bronce los enfrentan, pero no consiguen quitarles las piezas de la armadura dorada. Entonces aparece Sócrates, un Caballero del Santuario que fue enviado por Arles para que buscara al Fenix y le llevaran la armadura dorada. Fenix reconoce a Dócrates y les advierte a los Caballeros de Bronce que se cuiden de su poder.
Dócrates utiliza su golpe Meteoro de Heracles y hace dos enormes agujeros en el suelo. Dócrates le pide al Fenix que le entregue el casco de la armadura. Ikki saca el casco pero se lo avienta a Seiya. El Fenix utiliza su poder Alas del Fenix y destruye el pilar donde estaba Dócrates. Con su poder, Ikki provoca un derrumbe; los Caballeros de Bronce corren para ponerse a salvo, pero Ikki, completamente debilitado, no logra hacerlo y muere aplastado. Los Caballeros dejan una cruz en el lugar; Hyoga cuelga el crucifijo que le regalo su madre antes de morir. Con el casco de la armadura dorada en sus manos, los Caballeros de Bronce tiene aun una ventaja sobre sus enemigos. Un poco mas tarde, en el Valle de la Muerte, los soldados de Dócrates lo buscan entre los escombros. Dócrates se levanta de los escombros y se prepara para vengarse de Fenix por su osadía.
Dócrates llega a la fundación y secuestra a Saori y a Tatsumi. Los Caballeros de Bronce tienen que ir al coliseo donde se realizaba el Torneo Galáctico para cambiar el casco dorado por Saori y Tatsumi. En el coliseo, Dócrates engaña a Seiya y Shun; Dócrates se queda con Saori, y sus soldados se llevan el casco dorado fuera del coliseo. Afortunadamente, el Cisne está afuera esperando a los soldados de Dócrates. En el interior del coliseo, Dócrates quiere matar a Seiya, porque venció a su hermano Cassios para conseguir la armadura del Pegaso. Shun y Seiya atacan a Dócrates pero éste es demasiado poderoso para que lo puedan derrotar. El Cisne llega con el casco dorado y utiliza en Dócrates una técnica que le enseñó su maestro para congelar sus piernas. Sin poder moverse, Dócrates es atacado por Seiya y por Shun, y cae derrotado. Seiya y sus amigos ahora saben que los guerreros del Santuario no se darán por vencidos hasta que obtengan el casco dorado.
Arles, el gran Patriarca del Santuario, está desesperado y manda a Giste y a sus Caballeros de los abismos a obtener el casco dorado de los Caballeros de Bronce. El antiguo Patriarca exilió del Santuario a Giste, Tiburón, Medusa y Serpiente Marina a la Isla Calavera, ya que eran más piratas que Caballeros. Si le llevan el casco dorado al Patriarca Arles, éste les perdonara.
Giste y sus Caballeros toman la acción ofensiva y roban uno de los buques petroleros de la Fundación Graude y mandan un ultimátum a los Caballeros de Bronce: si no se presentan con el casco dorado en 24 hrs. , ellos hundirán el buque, contaminando por meses el océano y matando a todos sus tripulantes.
Seiya y sus amigos no tienen opción y van al buque donde los atacan los Caballeros de los abismos. Los Caballeros de Bronce logran salvar el buque, pero Giste y sus aliados escapan con el casco dorado. Para recuperarlo, los Caballeros de Bronce los persiguen hasta la Isla Calavera, donde los derrotan y tras una batalla sin cuartel, y cuando Seiya está apunto de ser derrotado por la misma Giste, el casco de la armadura dorada lo protege y Giste es vencida, de ésta forma los caballeros de bronce recuperan el casco dorado.
Sin muchas claves sobre el enemigo del Santuario, Seiya, Shiryu e Hyoga deciden ir con sus maestros para preguntarles sobre el Santuario. Shun es comisionado para cuidar del casco dorado y de Saori. En los Cinco Picos de China, el maestro de Shiryu le explica que el nuevo Patriarca del Santuario dominó al Caballero Cristal. En Grecia, Seiya pelea contra Shaina y sus cómplices, pero aparece Marin y le da a entender que Hyoga está en problemas.
El maestro de Shiryu le explica a éste que el Caballero de Cristal, y maestro de Hyoga, se dió cuenta del mal que estaba haciendo el nuevo Patriarca y decidió ir a hablar con él. Pero el Patriarca utiliza su Golpe Fantasma para controlar la mente del Caballero Cristal y lo manda de regreso a Siberia. Hyoga llega a Siberia buscando a su maestro, pero ve que toda la gente del pueblo esta construyendo una pirámide de hielo para el Caballero Cristal.
Hyoga no quiere creerlo y va a buscar a su maestro, quien lo recibe con un golpe. Hyoga no quiere pelear con la única persona a la que podía llamar "padre", pero el Caballero Cristal no le deja opción y Hyoga pelea con su maestro. El golpe del Patriarca empieza a debilitarse y al Caballero Cristal le empieza a doler la cabeza y lo distrae del combate y el ataque Relámpago de Aurora de Hyoga lo mata. Ya sin el control del Patriarca, el Caballero Cristal muere...
Sin pistas del casco dorado, Arles manda a Formax, el Caballero del Fuego a atacar el coliseo del Torneo Galáctico y la mansión Graude, todo esto con el fin de hacer que Saori saliera de su escondite para poder quitarle el casco dorado. Mientras tanto, en una cabaña en el bosque, Saori y Tatsumi ven como se incendia el coliseo y la mansión, pero Shun no los deja ir. Tatsumi ignora a Shun y va a la mansión, donde es capturado y torturado. Sabiendo la ubicación de la cabaña, el Caballero del fuego llega y empieza a incendiar el bosque. El Caballero de Andrómeda intenta defender la cabaña del fuego, pero es inútil y queda envuelto en llamas. En ese momento, las llamas se elevan y en el cielo aparece la figura del Ave Fenix. El Caballero del Fenix aparece de entre las llamas con su hermano Andrómeda. El Caballero Fenix ataca y vence al Caballero del fuego con su Golpe Fantasma para derrotarlo.
Seiya y Hyoga llegan de Siberia y ven que su amigo Ikki ha vuelto de entre los muertos para pelear a su lado. Mientras, Arles ya no tiene otra opción y manda a Misty, jefe de los Caballeros de Plata, a matar a Seiya. Junto con Misty, Arles manda a Marin, Caballero Femenino del Águila y quien fuera maestra de Seiya.
Durante un paseo en la playa, Seiya se encuentra con Misty y con Marin. Kiki, quien acompañaba a Seiya, utiliza su poder para traer la armadura del Pegaso para que pudiera pelear. Marin le explica a Seiya que Misty es un Caballero de Plata y que él no lo podrá derrotar; dicho esto, Marin atraviesa la armadura de Seiya. Seiya cae, pero Misty se sorprende al ver la facilidad con la que Marin lo mató, así que después de enterrar el cuerpo, Misty le dice a Marin que se vaya y desentierra el cuerpo de Seiya, dándose cuenta que sigue con vida. La pelea entre Misty y Seiya dura poco y Seiya es quien gana. Pero aparecen Asterion, Caballero del Can Mayor y Moses, Caballero de la Ballena. Ambos son Caballeros de Plata y lastiman seriamente tanto a Marin como a Seiya, pero al final los derrotan. Seiya despierta en la playa y ve un mensaje que le dejo Marin. "Seiya: por favor, cuida de Atena".
Todos los Caballeros de Bronce se reúnen en el coliseo para descifrar el mensaje de Marin. En la antigüedad, los Caballeros protegían a la diosa Atena, pero en éste momento no se habían encontrado con ella. Tatsumi les dice que están mal, ya que Atena siempre ha estado a su lado. Tatsumi les dice que Saori Kiddo es la diosa Atena, en ese momento un tremendo cosmos se hace presente y los caballeros comprenden que proviene de la misma Saori, ahora los caballeros no tienen duda de que ella es la encarnación de Athena...
Ahora los Caballeros deben de protegerla del Patriarca del Santuario. En un intento de ir al Santuario para ver que esta pasando, Seiya, Shun y Shiryu quedan atrapados en una isla, cayendo en el avión que los transportaba, por el poder mental de uno de los Caballeros de Plata.
En la isla, Shaina se enfrenta con Seiya, mientras que Shun enfrenta a Algol, Caballero de Perseo. En su ataque, Shun queda convertido en piedra para el asombro de Seiya y Shiryu. Algol es el poseedor del Escudo de Medusa, el cual tiene la habilidad de convertir en piedra a aquel que lo vea. Seiya también es convertido en piedra y solo queda Shiryu para vencer a Algol.
Para poder vencerlo, Shiryu tiene que golpearse los ojos y quedar ciego para evitar convertirse en piedra. Sin poder ver el escudo de Medusa, Shiryu mata a Algol y Seiya y Shun vuelven a la normalidad, pero los ojos de Shiryu no pueden sanar y no volverá a ver.
Sin poder ver, Shiryu decide volver con su maestro a China. En Japón, el cuartel subterráneo de los Caballeros, Ikki tiene diferencias con los demás Caballeros de Bronce y decide mejor andar solo. En eso, Damián, Caballero de Plata del Cuervo y criador de cuervos, manda a sus mascotas para que secuestren a Saori. Seiya los persigue y salva a Saori, pero queda muy dañado de su mano izquierda y se encuentra en una parte muy peligrosa. Rodeado por Damián y por Shaina, Seiya decide lanzarse al vació, pero no engaña a Shaina.
Al día siguiente, Shaina baja a buscar a Seiya y a la mujer que protegía Saori. Abajo, Saori ve que Seiya esta desmayado por la caída. Shaina intenta asustar a Saori, pero Saori usa su cosmo energía y Shaina la reconoce como la energía de Atena. Damián llega e intenta atacar a Saori, pero Hyoga y Shun llegan para evitarlo. Con Damián muerto y Atena del lado de los Caballeros de Bronce, Shaina decide huir. Después de eso, aparecen dos Caballeros de Plata frente a Saori, Seiya, Hyoga y Shun.
Estos Caballeros son Dante de Cerbero y Capella de Auriga, que vienen a matar a Seiya. Dante utiliza sus cadenas y lanza a Hyoga y a Shun a un abismo, pero gracias a la cadena de Andrómeda no se lastiman. El Caballero del Fenix aparece y con su poder hace una línea que separa -según dice- la vida de la muerte a quien la cruce, retando a los caballeros de plata, ambos la cruzan y vence a Capella con su Golpe Fantasma. Shun, por su parte, acaba con Dante. Seiya no soporta que su amigo Shiryu este ciego y decide ir a buscar a Mu para ver si tiene alguna cura. En Jamir, Seiya encuentra a Kiki, quien le dice que no ha visto a Mu desde varios días. Kiki le dice a Seiya que existe una agua sagrada que tal vez pueda sanar los ojos de Shiryu. Seiya sube la montaña donde se encuentra el agua y al regresar con Kiki se encuentra con Aracne, Caballero de Plata de Tarántula, pero Kiki le trae por medio de su poder mental la armadura de Pegaso y lo vence.
Poco después, el casco dorado desaparece de las manos de los Caballeros de Bronce, mientras que las otras partes de la armadura dorada desaparecen también del Santuario. En un lago, en medio de unas montañas desconocidas, ambas partes se encuentran y la armadura dorada se hunde en el agua. Cuando Athena Saori se entera que la armadura no esta en el Santuario, decide preparar un viaje para visitar al Patriarca en el Santuario...
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Fin de la Primera Saga...
