La historia gira en torno a Miki Koishikawa, una chica que solo piensa en enamorarse y demás, lo típico. Un día sus padres le comunican que se van a divorciar, que en un viaje que hicieron a Hawai conocieron a otro matrimonio, los Matsuura, y que cada uno se enamoró de las respectiva pareja del otro! Es decir, el señor Koishikawa con la señora Matsuura y demás.
Pero no acaba ahí todo, para no llamar la atención deciden vivir en la misma casa, y  los Matsuura tienen un hijo llamado Yuu, y no parece preocuparle lo del intercambio de parejas, justo al contrario que Miki.

Por otro lado tenemos a la mejor amiga de Miki, Meiko Akizuki, una chica con graves problemas familiares (los "típicos" padres que viven juntos por apariencia, pero que realmente se odian y tienen sus respectivos amantes) y bastante más madura que Miki. El profesor Shinichi Namura -llamado Nachán por sus alumnos- es descubierto como la pareja de Meiko y tiene que dejar la enseñanza, aunque Meiko sufra por ello...

Por otro lado esta Ginta, que es el mejor amigo de Miki y que estubo muy enamorado de ella, pero no lo admintia, hasta que aparece Yuu y siento muchos celos hacia el con respecto a Miki y deside conquistarla y hacer que se decida entre el o Yuu. ^0^ Tambien esta Arimi, una chica muy linda que siempre estubo enamorada de Yuu y que fueron novios por 3 mese (que fue lo que ella le pidio, que le concediera 3 meses y si el no se la queria, puees que se separarian y eso paso ^0^)

Mas adelante, despues de una serie de conflictos amorosos un poco de drama y mucha diversion,  miki se deside por Yuu, y el  tambien quiere a Miki n_n.

Esta es una linda historia de amor, con risas, sectretos, drama y mucho romance ademas de la diversion de los irresponsables padres de Miki y Yuu..Todo esto es Marmalade Boy.